Le site d'Otrante fut habité vraisemblablement depuis le Paléolithique et certainement au Néolithique. Peuplée de populations méssapiennes (populations antiques des Pouilles), la ville devint ensuite une importante ville hellène de la Grande Grèce avant de tomber aux mains des conquérants romains qui en firent un municipium, c'est-à-dire une ville dotée de droits propres mais liée à Rome.
L'importance de son port lui fit assumer le rôle de pont entre Orient et Occident et Otrante devint un centre byzantin puis normand, angevin et aragonais. La cathédrale, construite entre 1080 et 1088 et modifiée par la suite, est le reflet de ces dominations successives.
A Otrante, le 11 septembre 1227, mourut de malaria le landgrave de Thuringe, époux d'Élisabeth de Hongrie.
Le 28 juillet 1480, une flotte turque de cent navires commandée par Kedük Ahmed Pacha se présenta devant Otrante. La ville fut prise d'assaut le 11 août. Sur les 22.000 habitants, 12.000 furent impitoyablement massacrés, ceux dont on espérait une forte rançon, ou qui pouvaient se vendre avantageusement, furent réduits en esclavage. L'archevêque, les prêtres et le commandant d'Otrante furent sciés en deux".
Les Turcs détruisirent en outre le monastère de San Nicola di Casole un peu plus au sud. Dans ce monastère les moines avaient constitué la plus vaste bibliothèque de l'époque en Occident et avaient institué la première forme de collège de l'Histoire, qui accueillait des escholiers de toute l'Europe. Ce fut l'un de ces moines, Pantaléon, qui composa dans la cathédrale, la plus grande mosaïque d'Europe.
Trois mois plus tard, Otrante fut réoccupée par les Aragonais.
